Каков порядок применения вычетов по НДС после «закрытия» ИП?

Добрый день, уважаемые форумчане!
Помогите разобраться в ситуации:
ИП на ОСНО прекратил свою деятельность 29.12.16. В течение года сдавались декларации по НДС с уплатой в бюджет. Но в 4 квартале 2016 в книгу покупок встал остаток суммы НДС приходной накладной от июня 2016 г. (закупили много товара и сумму НДС частично использовали во 2-м, 3-м и остаток поставили в 4-м квартале). По итогам декларации за 4 квартал получилась сумма к возмещению из бюджета 3 493,00. Т.к. ИП прекращал деятельность оставили возмещение из бюджета.  Налоговая инспекция по результатам камеральной проверки заявила, что "товар приобретенный по данной счет-фактуре частично не реализован в связи с прекращением деятельности ИП" и остаток НДС от июньской накладной сняла. НДС доначислила + пени.
Налоговая ссылается на пп.1 п.2 ст.171 НК: "в случае если приобретенные товары не используются налогоплательщиком для операций, подлежащих обложению НДС, оснований для принятия к вычету сумм налога не имеется. Соответственно, при прекращении предпринимательской деятельности, товары перестают использоваться в операциях облагаемых НДС...и сумма вычета на нереализованный товар на дату снятия с учета ИП заявлена неправомерно".
Подскажите, пожалуйста, это действительно так, или у нас есть возможность отстоять свою позицию? Спасибо.